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RESUMEN
La secuencia de DNA es una actividad imprescindible en la caracterización de nuevos genes o en la detección de mutaciones en genes conocidos que conducen a anomalías genéticas. Hasta hace poco esta actividad estaba circunscrita a unos pococ laboratorios que , además de contar con el aparataje electroforético en que esta técnica se basa, estuvieran en condiciones de manejar los sofisticados sistemas de clonaje que son necesarios como procesos previos para obtener un segmento de DNA secuenciable.
El procedimiento clásico de desciframiento de secuencias de DNA ha consistido en la lectura a ojo de placas autoradiográfícas en las que aparecen escaleras discontinuas de líneas, resultantes de exponer estas placas a láminas de geles en donde se han separado fragmentos de DNA conteniendo trazadores radiactivos (35 S). La necesidad de adaptar tecnologías de secuenciación a costos y velocidades compatibles con proyectos de secuenciación de genomas completos, se ha traducido en el desarrollo de aparatos que permitan la lectura automatizada de geles. En la actualidad estos aparatos ya no operan en base a trazadores radiactivos, sino que detectan señales de fluorescencia inducida por Láser. El resultado es que se cuenta hoy con aparatos mucho más rápidos y precisos pero cuyo costo, calibración y matenimiento sofisticado fuerza su operación en unidades de servico ("core facilities") que son capaces de satisfacer las demandas de secuenciación de varios laboratorios.
Clave en la sceuenciación de DNA ha resultado el desarrollo de una tecnología revolucionaria denominada PCR (de Polymerase Chain Reaction.) que permite reproducir selectivamente un fragmento de DNA hasta tener grandes cantidades de él. Esta tecnología a permitido desarrollar un sinnúmero de aplicaciones análiticas muy concretas. PCR también ha tenido un tremendo impacto en el acceso que laboratorios con recursos modestos pueden tener a la secuenciación de DNA. Esto porque mediante PCR se pueden obviar las etapas de clonaje que eran antes requisito para tener material secuenciable. Con la ayuda de esta tecnología, puede usarse la secuenciación por ejemplo en disgnóstico de enfermedades genéticas.
Existen hoy en la Facultad de Medicina mas de una quincena de proyectos y líneas que requieren de secuenciación de DNA y están en condiciones de obtener clones o productos de PCR que pueden ser sometidos al análisis por fluorescencia inducida por láser.
Esta Facultad cuenta ya con una unidad de servicios ("core facility) que en la actualidad presta servicios a instituciones de todo el país en : secuenciación de proteinas, síntesis de oligonucleótidos (fragmentos de DNA), síntesis de péptidos y análisis computacional de secuencias. Nuestra propuesta consiste en implementar en esta unidad un servicio de secuenciación atomática de DNA - el primero en el país- a través de la postulación a un proyecto FONDEF de infraestructura, Nuestra unidad de servicios es una estructura especialmente adecuada para el manejo de este aparato y para la prestación de servicios de secuenciación a nivel ncional. Entre sus ventajas relativas podemos mencionar: 1) Por sus funciones y entorno posee el conocimiento científico, tecnológico y experiencia logística en la operación de máquinas muy similares 2) El contar con una cartera de potenciales a través de la venta de servicios y productos muy relacionados a la secuenciación de DNA y 3) El encontrarnos en condiciones de negociar precios especiales en la compra de insumos para la secuenciación de DNA, al incluirnos en los convenios de compra que ya tenemos con los fabricantes de este género de insumos.
El proyecto que se propone tendría una duración de tres años con dos años de financiamiento por FONDEF. El programa de actividades considera el siguiente calendario : Primer año: 1) Seleccionar y comprar el equipo 2) Instalación de instrumentos de adistramiento 3) Implementación de las técnicas de secuenciación de hebra simple y doble hebra con marcación de partidor y de terminador 4) Marcha blanca. Segundo año: 1) Implementación de servicio de purificación de DNA 2) Producción de partidores fluorecentes y 3) Comienzo de la atención a clientes para secuenciaciones a base de "costo por corrida". Tercer año 1) Implementación y puesta en marcha de un servicio a clientes con contratos de secuenciación para secuencias mas largas que incluyan el diseño y producción de partidores internos y que aseguren 99.9 de exactitud en secuencias determinadas a una velocidad de 1000 bases por semana. |