Financia proyectos de investigación que permiten incrementar la capacidad científica y tecnológica básica del país en todas las áreas del conocimiento, desde las ciencias exactas y naturales hasta las ciencias sociales y humanas, sin distinción de áreas o disciplinas.

Financia la conformación de Centros de Excelencia, al interior de instituciones sin fines de lucro, en áreas temáticas que necesitan ser abordadas en forma multidisciplinaria y con financiamiento de largo plazo. Estos centros están conformando una nueva forma de hacer ciencia, con colaboraciones más intensivas en recursos humanos, con trabajo de equipo más afiatado y con la formación de redes amplias de colaboración internacional.

Como vía para fortalecer el vínculo entre el mundo académico y el sector productivo del país, Conicyt adjudica proyectos de Investigación y Desarrollo y Transferencia Tecnológica, a través del al cual postulan las universidades asociadas a contrapartes empresariales que posteriormente aplican la innovación tecnológica derivada de los proyectos en sus productos, servicios y procesos. A partir del año 2001, Fondef ha generado nuevas iniciativas de financiamiento, las cuales aprovechan la experiencia ganada en los concursos regulares y la maduración de la actividad de investigación y desarrollo entre universidades, empresas e institutos tecnológicos. Estos nuevos Programas han realizado convocatorias en las que los temas son establecidos directa y explícitamente, a diferencia de los concursos permanentes en que son planteados por los proponentes.

Financia proyectos que contribuyan a que la industria acuícola chilena alcance una posición de liderazgo mundial, mediante acciones de Investigación y Desarrollo, transferencia e innovación tecnológica.

Tiene como objetivo incorporar al país en el desarrollo mundial de la genómica, proteómica y bioinformática en áreas relevantes de la economía nacional, para lo cual financia proyectos en Biominería y Recursos Naturales Renovables.

Busca establecer el uso de capacidades efectivas de información y comunicación en el sistema educativo y la industria de aplicaciones TIC para la educación, para lo cual financia proyectos en estas materias.

Contribuye a crear una cultura científica y tecnológica en la población, particularmente en niñas, niños y jóvenes en edad escolar. Cada año Explora convoca a instituciones sin fines de lucro -públicas y privadas- y a personas naturales a presentar propuestas en los 3 Concursos Nacionales de Divulgación y Valoración de la Ciencia y la Tecnología del Programa: Proyectos, Eventos y Clubes Explora.

Con el objeto de descentralizar el desarrollo de la ciencia y tecnología en el país, financia y promueve la capacidad de investigación y formación de masa crítica a nivel regional, a través de la adjudicación de fondos, vía concurso, para el financiamiento de proyectos, con el aporte proporcionado por Conicyt y el Gobierno Regional.

Anualmente proporciona apoyo financiero a revistas nacionales, debidamente evaluadas, en todas las áreas del conocimiento.

Nueva fuente de financiamiento que otorga Conicyt en convenio con el Banco Mundial. Su propósito es apoyar y conducir el proceso de transformación hacia una economía y sociedad basadas en el conocimiento, a través de la inversión en los ámbitos de Ciencia, Tecnología e Innovación, su adecuada integración con el sector empresarial del país y las redes mundiales de producción científica y tecnológica. Para alcanzar los objetivos el Programa se ha organizado en torno a tres componentes, los cuales finanaciará o subsidiará iniciativas tendientes a:

Mejoramiento del Sistema de Ciencia, Tecnología e Innovación de Chile: A través del Desarrollo de Estrategias y Políticas; Sensibilización para la Innovación y Formación del Capital Humano y Desarrollo de Capacidades de Monitoreo y Evaluación.

Fortalecimiento de la Base Científica de Chile: a través de Programa de Excelencia en Ciencia; Programa de Formación de Capital Humano Avanzado y Programa de Equipamiento Mayor.

Fomento de la Vinculación Pública-Privada: a través de Programa de Consorcios Tecnológicos Empresariales de Investigación, Programa de Investigadores en la Industria, y Programa de Inserción en Redes Mundiales.